Microprocessor가 내장된 컨트롤 장치는 멸균사이클, 디지털 표시, 자기진단, 인쇄 등 모든 프로그램을 완전 자동으로 제어한다.

- 작동중 시간, 온도, 압력 등을 측정, 제어하고 수치로 표시한다.
-「Real Time Clock」은 전원이 차단되어 있는 동안에도 자체 Back up Battery에 의해서 현재의 연월일시를 계속해서 유지한다.
- 사이클 도중 단전이 되는 경우 Back up Battery에 의해서 현재상태를 유지하고, 1분내에 전원이 회복되면 실행 중이던 사이클을 속행하고 1분이 지나면 에러로 처리한다.
- 컨트롤 시스템은 고도로 콤팩트화되어 있으며, 동작은 원터치로 체임버 문이 닫히고 잠긴 다음 조정, 멸균, 배기, 건조, 완료, 인쇄 및 문 풀림까지의 모든 과정이 자동으로 진행된다.

전형적인 5 종류의 기본 사이클과 2 종류의 시험 사이클 프로그램을 내장하고 있으며, 사용자가 필요에 따라서 임의로 사이클을 변경하여 사용할 수 있도록 되어 있다.

특히 액체 사이클에는 30분간의 냉각시간을 갖도록 하여 액체 멸균물의 안전을 기하였다.

작동중 이상이 발생하면 이를 감지하여 메시지 센터에 7종류의「경고코드」또는 14종류의「주의코드」가 표시되고 경고 신호음의 발생, 사이클의 중단 등 필요한 조치를 취한다.

컨트롤장치는 멸균기의 두뇌와 같은 중요한 역할을 하기 때문에 고장을 일으키는 경우 신속하게 대처하지 않으면 병원업무에 막대한 지장을 초래한다.

이 멸균기의 컨트롤 유닛은 콤팩트화된 하나의 구성단위로서 누구든지 쉽게 대치품으로 교환하여 사용할 수 있도록 되어 있다. 따라서 문제가 발생한 경우 대치할 컨트롤 유닛을 긴급운송수단(고속 또는 항공, 택배 등)을 이용, 신속하게 공급함으로서 사용자의 불편을 최소화할 수 있다.

멸균기의 체임버 양쪽에 각각 문을 설치하고, 체임버를 중심으로 양쪽 공간을 차단하는 벽체를 설치하여 Loading Area, Service Area로 구분한다.
이것은 양쪽 공간사이의 공기유통을 차단함으로써 처리된 멸균물의 재오염을 방지하기위한 것이다.

즉 멸균물의 장재 및 사이클의 동작은 Duty Zone에서 실행하고, 처리된 멸균물을 꺼내는 작업은 Clean Zone에서만 할 수 있으며, 이때 양쪽문이 동시에 열리지 않고 반드시 한쪽 문만 열리도록 되어 있다.